還元主義は、無機的な物事を対象とする物理学や化学においては有効であった。それらの分野での、17-20世紀における発展に大きく寄与した。例えば、"物質の性質は、物質を小さく切り刻んだ要素を調べれば判るだろう" と考えることで、分子や原子の発見へとつながり、やがて素粒子の研究へとつながった。
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ウォーターズは例の一つとして生物学の遺伝的アプローチを取り上げる。遺伝的アプローチは1.自然に生じるか人工的に生み出された、注目されている生物学的プロセスに関連した違いを示す変異体を同定する。2.変異体の遺伝子を分析する。3.注目のプロセスをより理解するために、変異体同士を配偶させる。これによって特定の表現型に影響を与える遺伝子を分離することができる。しかしこの戦略は新しくない。生理学者は例えば哺乳類の循環系など様々なメカニズムを、その部品に干渉することによって、何が起こるか観察して解明した[31]。
この研究プログラムは機能的分析とも呼ばれる。例えば線虫のニューロンを調査している研究者は、神経系の部分がどの様な能力に貢献しているかを知ることで神経系を説明しようとする。ニューロンの中でベータスペクトリンはどのような機能を持っているか？マーク・ハンマーランドとエリク・ヨーゲンセン、マイケル・バスティアーニはそれがニューロンのグロースコーンに含まれており、軸索と樹状突起の成長にかかわっていることを明らかにした[31]。
ゴドフリー＝スミスは次のように述べた。
“ 我々が生物学のような領域で成功した還元主義研究プログラムを見るとき、様々な生物学的プロセスがどのように起こるのかについて知識が蓄積されているのを見ることができる。我々は光合成、呼吸、タンパク質の合成、脳の信号の伝送、筋肉の動作、免疫反応のプロセスの優れた理解を持っている。これらの研究は、もっともな事ながら還元主義的であると言うことができて、そしてしばしばそう言われる。我々は高次レベルのプロセスや能力を取り上げて、下位レベルのメカニズムや実体がどのように働いているのかを説明することができる。多くの場合、下位レベルとは分子あるいはそれ以下のレベルのことである。下位レベルの説明はシステムの複雑さに圧倒されるが、しかしその複雑さはそれがどのように起きるかを説明する我々の能力を圧倒しない。[32] ”
還元主義により、膨大なデータから偏差を整理しながら近づいてゆき、ひとつの推察にたどりつく、という手法が生まれたともされる。